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Es gibt keine Therapie, die gezielt gegen FSME-Viren angewendet werden kann.

Bei sehr schweren Fällen können Interferone (gentechnisch hergestellte Eiweissstoffe) eingesetzt werden. Allerdings sind deren Nebenwirkungen teilweise erheblich: Sie reichen von grippeähnlichen Symptomen, Schilddrüsenerkrankungen und Depressionen bis hin zu Lähmungen, Sehstörungen und epileptischen Anfällen.

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