Der Krankheitsverlauf erfolgt grundsätzlich in drei Stadien, wobei das zweite und dritte Stadium bei rechtzeitiger Behandlung verhindert werden können.

Im ersten (Früh-)Stadium bewegt sich der Erreger im Bereich der Infektionsstelle. Zu dieser Zeit sind eine Reihe von Symptomen möglich wie Erkältungen, grippale Infekte, Kopf- und Gliederschmerzen, Abgeschlagenheit, Fieberschübe, manchmal auch Lymphknotenschwellungen. In vereinzelten Fällen können zudem die folgenden Symptome auftreten: Bauchschmerzen, Bindehautentzündung, Bronchitis, Durchfall, Entzündung der Lymphbahnen, Erbrechen, Gelenkschmerzen und –schwellungen, Gewichtsabnahme, Haarausfall, Herzstolpern, Missempfindungen an Armen und Beinen, Muskel-, Bänder-, Faserschmerzen (Fibromyalgien), Nackensteifigkeit, Rückenschmerzen, Schluckbeschwerden, Schweissausbrüche, Schwindelattacken, Trockenheitsgefühl im Hals, Übelkeit.

Die weitere Ausdehnung des Erregers im Körpers zeigt sich durch die sog. Wanderröte (Erythema chronicum migrans, ECM) an. Treten Rötungen an mehreren Körperstellen (polytope/multiple Erytheme) auf, ist das zweite Krankheitsstadium ausgebrochen. Wurde das Frühstadium nicht behandelt, steigt das Risiko von schweren Spätfolgen im dritten, chronischen Stadium. Als weitere Folgen können dann hinzukommen: Seh- und Hörstörungen, Müdigkeitssyndrom, alle Arten von Gehirnfunktionsstörungen sowie Neuralgien, Parkinson-Symptome, Gesichtslähmung, hochgradige Hautentzündungen (Akrodermatitis), Konzentrationsstörungen, Desorientierung, Lichtempfindlichkeit, Gereiztheit, aber auch Beeinträchtigung von Herz, Lunge, Leber, Magen, Menstruation, Milz, Muskeln, Nerven, Niere, Potenzstörungen, psychische Störungen, Puls, Reiter-Syndrom und Wirbelsäule sowie Sensibilitätsstörungen.

Selbst nach erfolgreicher Behandlung kann es sein, dass gewisse Beschwerden immer wieder auftreten und nie gänzlich verschwinden. Dies können neben Müdigkeit, Gelenkschmerzen und –entzündungen auch Herzprobleme und Störungen am Nervensystem sein. Schwere neurologische Komplikationen sind auch bei Doppelinfektionen zu erwarten: In stark verseuchten FSME-Gegenden sind Doppelinfektionen mit Borreliose und FSME möglich. Da diese unterschiedliche Latenzzeiten haben, können schwere neurologische Komplikationen auftreten.