Typisch für den Krankheitsverlauf von HGE sind grippeähnliche Symptome mit Fieber, Kopf- und Gliederschmerzen. Verwirrtheit, Muskel-, Gelenk- und Knochenschmerzen, Schweissausbrüche, Übelkeit und Erbrechen können hinzu kommen. In den meisten Fällen verläuft die Krankheit gutartig und schwere oder längerfristige Folgen sind meist auszuschliessen.

Es können aber Entzündungen des Knochenmarks, der Lunge, der Leber und des Herzens auftreten. Ernsthafte und lebensbedrohliche Störungen sind die Folge. Vereinzelt sind Todesfälle durch Ehrlichiose aufgetreten. Chronische Fälle sind möglich. Bei Doppelinfektionen (z.B. mit der Lyme Borreliose-Krankheit) kann sich der Krankheitsverlauf verändern.