Babesiose zeigt sich beim Menschen durch Malaria-ähnliche Symptome. Nach einer Inkubationszeit von ein bis vier Wochen zeigen sich erste Anzeichen wie Abgeschlagenheit und Gewichtsverlust. Kontinuierlich steigendes Fieber, Schüttelfröste, Muskel- und Gliederschmerzen sowie starke Kopfschmerzen sind Zeichen des weiteren Krankheitsverlaufs. Oft vergrössern sich Milz und Leber. Blutiger Urin sowie immer wiederkehrende Krankheitsschübe können über Wochen hinweg auftreten.

Im Krankheitsverlauf treten manchmal auch schwere Blutarmut (Anämie), Gelbsucht-Symptome und Nierenversagen auf. Meist verläuft die Krankheit günstig und nimmt von alleine ein Ende. Das Krankheitsbild scheint sich aber mit zunehmendem Alter des Patienten zu verstärken. Vereinzelt sind nach schweren Krankheitsbildern auch Todesfälle eingetreten, wobei häufig gleichzeitig Borrelieninfektionen beobachtet wurden. Chronische Fälle sind bekannt, bilden aber ebenfalls die Ausnahme.