Malariamittel haben sich in der Therapie von Babesiose als unwirksam herausgestellt. Die Kombination der Wirkstoffe Clindamycin und Chinin hat dagegen in einer Vielzahl von Fällen zu einer Erregerreduktion geführt. Bei Laboruntersuchen hat sich Chinin jedoch als unwirksam gegen einen Babesiose-Typus gezeigt. Das relativ neue Atovaquon hingegen zeigte eine grosse Wirksamkeit. Eine Impfung gegen Babesiose gibt es für den Menschen noch nicht. In der Veterinärmedizin wird diese zwar erprobt – eine definitiver Befund ist jedoch erst in einigen Jahren absehbar.